A Regensburgi Egyetem nem önálló alapítványaként 2017. január 30-án megalakult a Magyar Intézet Alapítvány (Stiftung Ungarisches Institut, SUI). Az alapító okirat ünnepélyes aláírásán beszédet mondott Prof. Dr. Udo Hebel, az egyetem elnöke, Prof. Dr. Alf Zimmer, az egyetem egykori elnöke, Dr. habil K. Lengyel Zsolt, a Hungaricum – Magyar Intézet ügyvezető igazgatója és a Müncheni Magyar Intézet Egyesület 1. elnöke, Dr. Michael Mihatsch, a Bajor Oktatási, Kulturális, Tudományos és Művészeti Egyetem munkatársa, Tordai-Lejkó Gábor főkonzul, valamint Regensburg Város Önkormányzatának képviselője.

Az alapítvány célja, hogy a magyar és bajor állami támogatáson túl hosszú távon biztosítsa a Hungaricum – Magyar Intézet (HUI) működését, amely 2014 óta a Regensburgi Egyetem Nyelv-, Irodalomtudományi és Kultúrtörténeti, valamint Filozófia, Művészet- és Történet- és Társadalomtudományi Tanszékeinek önálló intézeteként működik. A HUI hungarológiai kutatást és oktatást folytat, távlati tervei között szerepel egy önálló Magyar Tanszék (professzúra) és egy Magyar-Német Szak létrehozása.

A SUI alaptőkéjét az az Ausztráliában 2008-ban elhalálozott John Győri hagyatéka képezi, aki 1996-ban keletkezett végrendeletében a Müncheni Magyar Intézetet jelölte meg örökösének. A Regensburgi Egyetem nem önálló alapítványaként működő SUI vagyonának kezelője a Regensburgi Egyetem. Az Alapítványi Tanács öt tagja közül kettőt a Magyar Kormány, egyet a Bajor Állam, egyet a Regensburgi Egyetem, egyet pedig a Müncheni Magyar Intézet Egyesület delegál. A Magyar Kormány delegáltjai: Dr. B. Szabó Dezső, a Stuttgarti Magyar Kulturális és Tudományos Központ 2017. február 9-vel kinevezett új vezetője és Dr. habil. Ujváry Gábor, a Veritas Történetkutató Intézet kutatócsoport-vezetője.